淡水であれば、どのような環境であれ何かしらの水生昆虫が生活している。
河川では、特に中流域、上流域でカワゲラ、カゲロウなど幼虫の水生昆虫が多い。
池沼では、トンボ、カ、ユスリカなどがより大きな比重を占める。
ゲンゴロウなど、生涯を水中で生活する型の昆虫は止水の方に多い傾向がある。
地下水や井戸からも、特殊な昆虫が知られている。
ごく小さな、一時的な水たまりであっても、それを利用するものがある。竹を切った切り口に溜まる水や、空き缶に溜まった水でも、ある種のカはそこから発生する。
また、富栄養化が進んで、汚水になったようなところには、ユスリカやハナアブの幼虫などが住む。腐肉や汚泥も一種の水環境と見ることができ、そのようなところに住むハエやチョウバエの幼虫も、水生昆虫としての性格を持っていると言える。
これに対して、海に住む昆虫はごく限られており、ウミユスリカやウミアメンボなど、少数の例があるにすぎない。
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カワゲラ、トビケラ、カゲロウの幼虫は、河川の中流域以上の区域で種類、数ともに多く、その成虫とともに魚類の餌として重要な位置を占める。渓流釣りではこれらは「川虫」などとよばれ、生き餌として重宝される。特にアマゴやイワナは水面上にジャンプしてこれらの成虫を捕食するので、その習性が利用される。毛針の多くは、カゲロウやカワゲラの姿を模したものである。
また、長野県伊那市周辺などでは上記三つの渓流の水生昆虫を「ざざむし」と呼び、漁獲して食べる習慣がある。
これらの昆虫の種組成は、水の富栄養化など、環境の変化によって大きく影響を受ける事が分かっており、環境の指標生物として重視される。